Починаючи з 1996 року в Університеті функціонує відділ аспірантури, докторантури, який на сьогодні здійснює координацію підготовки спеціалістів вищої кваліфікації: здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук.У 1996 році було здійснено перший набір аспірантів із трьох спеціальностей, а вже у 2005 році відкрито постійно діючу докторантуру із двох економічних і однієї юридичної спеціальності.Основним завданням відділу є  підготовка науково-педагогічних i наукових кадрів вищої кваліфікації для Університету, навчання методам і засобам проведення наукових досліджень, оволодіння прийомами самостійного ведення наукової та педагогічної роботи.Саме такий підхід  сприяє  зростанню наукового потенціалу Університету, формує умови для безперервної освіти, підвищення науково-педагогічної і наукової кваліфікації кадрів, удосконалення їхньої педагогічної майстерності, всебічного розвитку особистості викладача. Завдяки такій системі у Державному податковому університеті створено умови для закріплення талановитої молоді, здатної до науково-дослідної діяльності.
Очолює відділ аспірантури, докторантури Селіна Ірина Веніамінівна.

Працівники відділу:

Скормцова Тетяна Олександрівна – провідний фахівець, кандидат економічних наук, старший науковий співробітник

Ігнатенко Олеся Олегівна – провідний фахівец