Проведення наукових досліджень в Університеті забезпечують кафедри Навчально-наукових інститутів / Факультетів, головним завданням яких є розробка прикладних досліджень у сфері фінансів, розробка основних напрямів реформування системи оподаткування, шляхів розвитку бюджетно-податкової політики у сучасних умовах, а також удосконалення освітнього процесу, підготовка висококваліфікованих кадрів, розвиток творчих здібностей студентської молоді, видання власної наукової продукції. Для реалізації цих завдань структурні підрозділи Університету співпрацюють з Міністерством фінансів України і підпорядкованими йому центральними органами виконавчої влади, поєднуючи теоретичні надбання з практичним досвідом.

В Університеті успішно функціонує вузівська наука, яка представлена діяльністю кафедр – основних навчально-наукових підрозділів, що забезпечують освітній процес з відповідних спеціальностей. Наукова діяльність науково-педагогічних працівників спрямована на дослідження проблем оподаткування, шляхів розвитку бюджетно-податкової політики у сучасних умовах, а також удосконалення освітнього процесу. 

З метою наукового супроводження визначених пріоритетних напрямів у звітному періоді зусиллями науково-педагогічних працівників 34 кафедр Університету виконувалося 32 ініціативні науково-дослідні роботи. Задля більш широкого залучення до роботи над науковими дослідженнями аспірантами та докторантами, теми науково-дослідних робіт реєструються в Державній науковій установі «Український інститут науково-технічної експертизи та інформації».

До наукових досліджень кафедр залучаються аспіранти та докторанти Університету, а також студенти/курсанти – члени Наукового товариства студентів та курсантів Університету, які отримують досвід наукової роботи і продовжують втілювати отримані знання у свої наукові дослідження та навчальний процес.