Проведення наукових досліджень в Університеті забезпечують кафедри факультетів / навчально-наукових інститутів, головним завданням яких є розробка прикладних досліджень у сфері фінансів, розробка основних напрямів реформування системи оподаткування, шляхів розвитку бюджетно-податкової політики у сучасних умовах, а також удосконалення освітнього процесу, підготовка висококваліфікованих кадрів, розвиток творчих здібностей студентської молоді, видання власної наукової продукції. Для реалізації цих завдань структурні підрозділи Університету співпрацюють з Міністерством фінансів України і підпорядкованими йому центральними органами виконавчої влади, поєднуючи теоретичні надбання з практичним досвідом.

В Університеті успішно функціонує вузівська наука, яка представлена діяльністю кафедр – основних навчально-наукових підрозділів, що забезпечують освітній процес з відповідних спеціальностей. Наукова діяльність науково-педагогічних працівників спрямована на дослідження проблем оподаткування, шляхів розвитку бюджетно-податкової політики у сучасних умовах, а також удосконалення освітнього процесу. 

З метою наукового супроводження визначених пріоритетних напрямів (станом на вересень 2024 року) зусиллями науково-педагогічних працівників 20 кафедр Університету виконується 20 ініціативних науково-дослідних тем. Задля більш широкого залучення до роботи над науковими дослідженнями аспірантами та докторантами, теми науково-дослідних робіт реєструються в Державній науковій установі «Український інститут науково-технічної експертизи та інформації». З назвами НДР можна ознайомитися за покликанням.

До наукових досліджень кафедр залучаються аспіранти та докторанти Університету, а також студенти – члени Наукового товариства студентів Університету, які отримують досвід наукової роботи і продовжують втілювати отримані знання у свої наукові дослідження та освітній процес.